A EFAO, no sentido de organizar o seu funcionamento interno e administrativo e melhor articular as partes com eficiência, encontra-se estruturada pelo seguinte:
Direção-Geral | Direção, Planeamento, Execução
Divisão 1 | Administrativo
Gabinetes
Gabinete 11 | Relações Públicas e Secretariado
Gabinete 12 | Contabilidade e Finanças
Gabinete 13 | Recursos Humanos
Gabinete 14 | Património
Gabinete 15 | Jurídico e Contencioso
Divisão 2 | Ordenamento
Departamentos
Departamento 21 | Membros
Departamento 22 | Pessoal
Departamento 23 | Rede Territorial
Departamento 24 | Marketing & Publicidade
Divisão 3 | Logística
Departamentos
Departamento 31 | Informática
Departamento 32 | Audiovisuais
Departamento 33 | Equipamentos e Materiais
Divisão 4 | Operações
Departamentos
Departamento 41 | Ajuda Humanitária
Departamento 42 | Conservação da Natureza
Departamento 43 | Investigação e Desenvolvimento
Departamento 44 | Partilha e Difusão do Conhecimento e da Cultura