A EFAO, no sentido de ampliar uma base de apoio e ajuda na prossecução dos seus fins e objetivos, estabeleceu na sua constituição a existência de dois conselhos subsidiários que, colaborando estreitamente com a Administração, servem-lhe de órgãos de consulta.
A Administração solicita, sempre que necessário ou melhor convir a cada conselho, ou individualmente a cada um dos seus membros, pareceres, ideias, opiniões, recomendações e fundamentos científicos sobre os assuntos ou matérias que entender e na prossecução geral dos seus fins estatutários e objetivos gerais, ou, especificamente, em determinadas atividades, projetos, programas ou ações concretas.
Compete ainda aos Conselhos apoiar e cooperar com a EFAO na prossecução, em geral, dos seus objetivos e fins, ou, em particular, em determinados programas e projetos operacionais, ou outras atividades concretas.
Conselho de Patronos
O Conselho de Patronos é constituído por todas as pessoas singulares ou coletivas, nacionais ou estrangeiras, que detêm a devida e reconhecida importância quanto às liberalidades feitas à EFAO, ou serviços a esta prestados, especificamente pelos apoios ou cooperações prestadas, bem como pela defesa da sua existência ou a relevância de atuação em áreas que importem à realização do seu fim estatutário e demais programas ou projetos operacionais.
Conselho Científico
O Conselho Científico é constituído por todas as pessoas singulares ou coletivas, nacionais ou estrangeiras, de reconhecido prestígio próprio detido na comunidade nacional ou internacional quer pelas suas capacidades e competências profissionais, ou conhecimentos, saberes e experiencias detidas, vivenciais ou outras.