A EFAO, no âmbito da sua política geral e no domínio de um quadro de atuação, e no sentido de coordenar e levar a cabo a realização dos seus fins e objetivos, quer pela gestão administrativa interna quer pelo desenvolvimento dos seus projetos e programas operacionais, estrutura-se numa complexa forma organizativa e funcional.
A cada parte desta estrutura competem determinadas funções, atribuições, e responsabilidades e competências.